Massenspektrometrie-System mit Einzel-Zell-Sensitivität für quantitative Proteomik
Coordinator
Professor Dr. Hartmut Schlüter
Grant period
2023
Funding body
Deutsche Forschungsgemeinschaft
DFG
Identifier
G:(GEPRIS)518551069
Note: Ein System wird beantragt für die massenspektrometrische Analyse von Proteomen sehr kleiner Probenmengen, wie sie in einzelnen Zellen zu finden sind. Das System umfasst eine nano-Ultrahochdruckflüssigkeitschromatographie (nano-UPLC) inklusive Autosampler und ein hochauflösendes Tandemmassenspektrometer (hr-MSMS) mit Electrospray-Ionisations-Quelle und Ionenmobilitäs-Modul sowie notwendige Software-Module. Die hohe Nachweisempfindlichkeit soll auch dazu dienen sehr kleine Probenmengen aus Geweben analysieren zu können, wie sie mit dem in Entwicklung befindlichem Gerät zur 3-dimensionalen-Gewebe µ-Probengewinnung mittels Laser-Ablation (3-MiTi-LAb) gewonnen werden. Als Ersatzbeschaffung eines ausrangierten Flüssigkeitschromatographie-Massenspektrometrie-Gerätesystems (nano-UPLC-MSMS) wird es zukünftig auch für größere Probenmengen im Mikrogramm-Bereich für die differentielle quantitative Bottom-Up und Top-Down-Proteom-Analytik von Proteoformen sowie für diverse Formen der Glykom-Analytik eingesetzt werden. Für die Quantifizierung von Proteomen werden markierungsfreie (Label-free) sowie markierungsbasierte Ansätze, z.B. SILAC oder 16plex-TMT, genutzt werden. Neben dem Einsatz in der Core Facility, 80 – 90 % Messzeit umfassend, gibt es einen Schwerpunkt von der AG von Prof. Hartmut Schlüter zur Weiterentwicklung der 3-MiTi-LAb Technologie, der Proteoform-Analytik sowie vom Institut für Tumorbiologie, geleitet von Prof. Klaus Pantel, zur Analyse von zirkulierenden Tumorzellen (CTCs) von Krebspatienten. Die zukünftigen Messzeiten auf dem beantragten System der beiden Gruppen werden jeweils 10 % der Gesamtmesszeit nicht überschreiten.
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