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DFG project G:(GEPRIS)282765794

Genomweite Ansätze zur Identifizierung kausaler Varianten beim Rind

CoordinatorProfessor Dr. Hubert Pausch
Grant period2015 - 2017
Funding bodyDeutsche Forschungsgemeinschaft
 DFG
IdentifierG:(GEPRIS)282765794

Note: Assoziationsstudien mit umfangreichen Genotypdaten ermöglichen die Identifizierung von merkmalsrelevanten Regionen im Genom. Allerdings greifen alle bisher verwendeten Markerkarten nur einen Bruchteil der gesamten genomischen Variation ab und ermöglichen deshalb keine präzise Lokalisierung kausaler Mutationen. Mittlerweile kann über die Sequenzierung von sorgfältig ausgewählten Schlüsseltieren annähernd die gesamte genomischen Variation einer Population gesichtet werden. Sobald ausreichend viele Schlüsseltiere sequenziert sind, können die Sequenzvarianten für alle genotypisierten Nachkommen abgeleitet werden. Anschließend können kausale Mutationen in sequenzbasierten Assoziationsstudien mit phänotypischen Daten verknüpft werden. Das Ziel dieses Vorhabens ist die Identifizierung und Charakterisierung von merkmalsrelevanten Varianten für komplexe Phänotypen mittels genomweiter Sequenzinformation. Zunächst wird ein Verfahren zur populationsweiten Extrapolation der Sequenzvarianten implementiert, das auch bei großen Tierzahlen anwendbar ist. Anschließend werden verschiedene methodische Ansätze für sequenzbasierte Assoziationsstudien implementiert und hinsichtlich ihrer Laufzeit und Schlagkraft evaluiert. Ein besonderes Augenmerk wird dabei auf Mehrmerkmalsmodelle und rasseübergreifende Ansätze gelegt. Merkmalsrelevante Varianten werden funktionell charakterisiert und in großen unabhängigen Populationen validiert. Die gesamten Untersuchungen werden mit realen Daten mehrerer Rinderrassen durchgeführt.
   

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 Record created 2023-02-02, last modified 2024-09-27
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