Record #526644

DFG project G:(GEPRIS)244588142

Bakterielle RNA-Thermometer: Von ausgewählten Beispielen zu globalen Analysen

Coordinator	Professor Dr. Franz Narberhaus
Grant period	2013 - 2022
Funding body	Deutsche Forschungsgemeinschaft
	DFG
Identifier	G:(GEPRIS)244588142

Note: Strukturierte RNA-Segmente kontrollieren die Genexpression auf allen Ebenen. Viele bakterielle Hitzeschock- und Virulenzgene werden durch RNA-Thermometer (RNAT) reguliert. Diese molekularen Reißverschlüsse sind in der 5‘-untranslatierten Region von mRNAs lokalisiert und falten bei niedrigen Temperaturen in eine Struktur, die den Zugang des Ribosoms blockiert. Ein Aufschmelzen der Sekundärstruktur bei einem Temperaturanstieg auf 37°C (Virulenzgene) oder höher (Hitzeschockgene) legt die Ribosomen-Bindestelle frei und erlaubt dadurch die Initiation der Translation.In der vorangegangenen Förderperiode haben wir die molekularen Mechanismen verschiedener natürlicher und synthetischer RNAT charakterisiert. Darüber hinaus haben wir durch eine Kombination aus in vitro Struktur-Kartierung und Hochdurchsatz-Sequenzierung einen kompletten Überblick über das „RNA-Strukturome“ des Durchfallerregers Yersinia pseudotuberculosis bei drei verschiedenen Temperaturen erhalten. Aus diesem umfangreichen Datensatz wollen wir nun Kapital schlagen und folgende Ziele erreichen: (1) Im Anschluss an die vorläufige Charakterisierung von mehr als 25 neuen RNAT werden wir die Struktur und Funktion ausgewählter Kandidaten detaillierter untersuchen. Von besonderem Interesse sind der Virulenzfaktor CnfY und verschiedene Komponenten der oxidativen Stressantwort und des Typ-3-Sekretionssystems. (2) Auf Grundlage des RNA-Strukturoms schlagen wir ein bislang kaum untersuchtes regulatorisches Prinzip vor, bei dem die Struktur von einigen kleinen regulatorischen RNAs durch Temperatur so verändert wird, dass die regulatorischen Motive entweder blockiert oder freigelegt werden. Diesen Mechanismus werden wir an ausgewählten Beispielen studieren. In einem dritten Arbeitspaket wollen wir eine neu etablierte Methode zur Entschlüsselung des in vivo RNA-Strukturoms weiter optimieren, um damit einen Einblick in die RNA-Strukturen in der lebenden Zelle zu gewinnen.

Recent Publications

There are no publications

Record created 2023-02-02, last modified 2024-09-27

Similar records

Rate this document:

(Not yet reviewed)

Add to personal basket
Export as Author List with IDs BibTeX (UTF-8), EndNote XML, EndNote Text, RIS, MARC, Print MARC, MARCXML, DC,
Request correction
Submit fulltext

guest :: login PUBDB
		Search		Submit		Personalize Your alerts Your baskets Your searches		Help