Record #508254

DFG project G:(GEPRIS)458716530

Untersuchung der Strukturvariantenlandschaft im dynamischen Genom einer jungen allopolyploiden Kulturpflanze

Coordinator	Professor Dr. Rod Snowdon
Grant period	2021 - 2024
Funding body	Deutsche Forschungsgemeinschaft
	DFG
Identifier	G:(GEPRIS)458716530

Note: Die junge allopolyploide Kulturpflanze Brassica napus (Raps, Canola) hat ein ungewöhnlich dynamisches Genom. Mittels Long-Read-Sequenzierung entdeckten wir kürzlich, dass bis zu 10% aller Gene in einem gegebenen B. napus-Genotyp von funktionell relevanten, genomweiten Genkonversionen bzw. Deletionen betroffen sind, mit hoher Relevanz für die Pflanzenentwicklung und -züchtung. Aufgrund der vorherrschenden Größe (100bp~5kb) sind die meisten genomweiten Strukturvarianten (SV) im hochgradig duplizierten B. napus-Genom mit Short-Read-Sequenzierung nicht nachweisbar, weshalb ihre Mechanismen und evolutionären Konsequenzen kaum untersucht wurden. Basierend auf robusten Methoden, die wir in umfangreichen Vorarbeiten entwickelten, möchten wir hier die SV-Landschaft des B. napus-Pangenoms durch Long-Read-Sequenzierung in 100 genetisch diversen Akzessionen erfassen. Mit dem B. napus "Pangemome SV Atlas" soll ein wertvolles Datenbasis zur Verfügung gestellt werden, um SV-Mechanismen aufzudecken und große Short-Read-Datensätze aus früheren Studien unter Berücksichtigung von SV zu re-analysieren. Durch die Identifizierung von Sequenzmotiven, die mit genomweiten SV-Bruchpunkten assoziiert sind, sowie die Untersuchung von SV-Mustern im Zusammenhang mit der 3D-Genomstruktur und Chromatin-Interaktionen, sollen biologische Einblicke in die Entstehungsmechanismen für SV gewonnen und eine Grundlage für prädiktive Modelle zur Vorhersage und Nutzung von SV in der Züchtung geschaffen werden. In einer praktischen Fallstudie werden wir den SV-Atlas verwenden, um SV in Blühgenen mit ökogeografischen Anpassungsmerkmalen zu assoziieren, um neue Einblicke in die Rolle von SV in der Evolution und Anpassung polyploider Kulturpflanzen zu gewinnen.

Recent Publications

There are no publications

Record created 2023-01-19, last modified 2025-04-11

Similar records

Rate this document:

(Not yet reviewed)

Add to personal basket
Export as Author List with IDs BibTeX (UTF-8), EndNote XML, EndNote Text, RIS, MARC, Print MARC, MARCXML, DC,
Request correction
Submit fulltext

guest :: login PUBDB
		Search		Submit		Personalize Your alerts Your baskets Your searches		Help